Wie wäre es damit:
Eine Regierung hat einige der besten Wissenschaftler versammelt, um an einer neuen Waffe zu forschen. Zufällig entdeckt einer der Forscher dabei, dass neben unserem Universum auch noch andere existieren, die jedoch durch eine Schutzschicht voneinander getrennt sind. Die Regierung verlangt von den Forschern zu versuchen, diese "Hülle" zu durchbrechen und zwar so, dass Löcher in ihr entstehen. Die Regierung erhofft sich, dass durch die Löcher feindlich gesinnte Wesen kommen könnten. So könnten sie, wenn sie die Löcher im Gebiet der Feinde erzeugen deren Gebiete von diesen Wesen zerstören zu lassen.
Beim ersten Versuch diese Waffe zu nutzen, die sich in der Stadt befindet, in der die Geschichte dann spielen wird, geht der Versuch schief, ein Loch entsteht in der Stadt (evtl. U-Bahnstation, etc.). Durch dieses Lochen dringen Wesen, Pflanzen, etc. in die Stadt ein. Die Regierung sperrt den Bereich ab, in dem dies passiert und versucht die Plage zurückzuhalten und der Bevölkerung einzureden, dass es sich dabei nur um eine militärische Übung handle.
Nun sucht die Regierung Leute um das "Loch" zu "stopfen" und die Stadt zu beschützen. Das wären dann die Protagonisten.
Während die Regierung an dem Versuch arbeitet, das "Loch" zu verschliessen, wird die Schutzhülle instabiler und es entstehen weiter "Löcher" in der Schutzhülle. Mit der Zeit finden die Protagonisten heraus, dass die "Löcher" von der Regierung erschaffen wurden, was ihnen zuvor verschwiegen wurde. Nun müssen sie gegen die Regierung und die "Ausserirdischen" kämpfen. Mit der Zeit sammeln sie weitere Verbündete und erobern einen Teil der Stadt, wo sie ihr Hauptquartier eröffnen.
Währenddessen breiten sich weitere "Löcher" auf der ganzen Erde aus.
Schlussendlich gelingt es den Protagonisten ihr Sonnensystem aus ihrem Universum zu extrahieren, bevor sich die Löcher dort auch ausbreiten. Nun befindet sich das Sonnensystem in einem eigenen neuen Universum.
Die Protagonisten entwickeln schlussendlich ein Gerät, mit dem sie die "Löcher" "kontrollieren" können.
Für einen Protagonisten hätte ich auch schon eine Idee, ein junges Genie, das zwar sehr klug ist, dafür aber zu Beginn weder mit seinen Mitmenschen noch mit Waffen umgehen kann und am Anfang voll auf der Seite der Regierung steht.
Lg Lord R